Cebulę, cukinię oraz marchew posiekaj w półplastry. Paprykę pokrój w paseczki, dynię w kostkę, a pomidory w ćwiartki. Warzywa ułóż naprzemiennie na dnie naczynia żaroodpornego, powinny wyjść 2-3 warstwy. W misce rozetrzyj czosnek przeciśnięty przez praskę wraz z kilkoma łyżkami oliwy z oliwek. Za pomocą pędzelka posmaruj warzywa oliwą i czosnkiem. Między warzywa ułóż świeże gałązki tymianku, posyp je również solą oraz pieprzem do smaku. Piekarnik rozgrzej do 160 stopni C i wstaw naczynie pod przykryciem (pokrywka albo folia aluminiowa). Piecz warzywa do miękkości i do czasu, aż puszczą sok, tj. 30-40 minut.
W tym czasie przygotuj kruszonkę z kaszy kuskus. Przełóż kaszę do miseczki, dodaj szczyptę soli do smaku i zalej ją gorącą wodą w takiej proporcji, aby woda sięgała ok. 1 cm powyżej kaszy. Pod przykryciem pozostaw kuskus na kilka minut do wchłonięcia wody i zwiększenia swojej objętości. Kiedy kasza będzie miękka i sypka pozostaw ją do całkowitego ostygnięcia, następnie przełóż do większej miski, dodaj parmezan starty na małych oczkach tarki, łyżeczkę suszonego oregano oraz masło. Schłodzony kuskus wymieszaj z masłem i parmezanem, tak aby powstała kruszonka. Upieczone warzywa posyp przygotowaną kruszonką i zapiekaj jeszcze przez 10-15 minut, do momentu, aż całość delikatnie przyrumieni się.
Zapiekankę po upieczeniu posyp jeszcze startym parmezanem, udekoruj posiekaną zieleniną i od razu podawaj w towarzystwie wyrazistych sosów, np. czosnkowego albo pomidorowego.
Zapiekanka bardzo dobrze smakuje również na zimno, może być daniem głównym, dodatkiem do dań mięsnych albo lekką kolacją.